Если дыры очень большие, то на помощь придет обычный пластилин.
Также если между рамами большое расстояние, то его можно заполнить той же ватой или, на худой конец, тряпками. Это намного уменьшит теплопотери.
Можно использовать кроме тряпок, ваты и скотча еще и резиновые трубки и ремни, и чем они шире, тем будет теплее. Ее нужно будет плотно засунуть в пространство между ставней и рамой и укрепить скотчем.