Способ ферментации в кондиционированных условиях применяется на крупных установках, когда невыгодно использовать ферментацию на открытом воздухе. Во втором случае используются так называемые автоклавы или биобарабаны, которые при вращении равномерно и непрерывно перемещают отбросы в течение одного или нескольких дней. Затем отбросы снова укладываются в кучи для завершения биологического процесса созревания.